От соборного храма Рождества богородицы к другому основному сооружению монастыря — трапезной палате с церковью Благовещения ведут крытые двухъярусные переходы со встроенной в центре их колокольней. Сквозной арочный проход внизу колокольни с двух боковых сторон открывается внутренними лестницами на галерею, идущую к папертям трапезной и собора.
Время возведения переходов и колокольни точно не известно. Судя по характеру архитектуры, а также по письменным источникам, отмечающим их существование с XVII века, возникли оба они не ранее этого столетия. Однако древние переходы, «по которым ходить было опасно», около 1794 года были сломаны и в 1797 году выстроены заново. Позднейший характер их архитектуры хорошо заметен по наличникам окон верхнего яруса, напоминающим обрамления новых оконных проемов церкви Мартиниана,
Колокольня сохранила свой первоначальный вид. Она довольно своеобразна и принадлежит к редкому типу подобных зданий. Это трехъярусное, почти квадратное в плане сооружение с шатром четырехгранной формы. Нижний этаж ее со всех сторон прорезан арками; с южной стороны, обращенной к воротам монастыря, к нему в XVIII веке было пристроено крыльцо с колонками. Второй этаж — глухой, с двумя небольшими окошками на южном фасаде. Ярус звона с двумя арками на каждой стороне венчает четырехгранный шатер с оконцами-слухами и часами (установлены в XVII в.), завершенный небольшой главкой на круглом барабане. Оформление колокольни лаконичное и простое: пилястры на углах, скромные межъярусные карнизы и архивольты проемов звона. Это свидетельствует о существовании глубоких традиций старины, настойчиво сохраняемых в постройках Севера на протяжении XVII и частично даже XVIII веков.
Особенно интересна церковь Благовещения с трапезной палатой. Она построена в 1530—1534 годах, как о том повествует храмозданная надпись на каменной плите справа от входа в трапезную. Сооружение церкви Благовещения и трапезной вскоре после посещения монастыря великим князем Василием III и рождения у него сына заставляет предполагать, что строительство это было осуществлено в честь появления наследника. Видимо, оно производилось по распоряжению, а может быть, и на средства великого князя, как одновременные «вкладные» храмы Гавриила и Иоанна Предтечи в Кирилловом монастыре, с первым из которых Благовещенская церковь имеет очень много общего.
Обширная двухэтажная трапезная и высокая изящная церковь, примыкающая к ее восточной стороне, образуют единое сооружение. Подобная композиция, строящаяся на противопоставлении горизонтального и вертикального объемов, весьма характерна для аналогичных построек XVI века. Однако в Ферапонтове храм стоит не на продольной оси трапезной, как в Кириллозе, Спасо-Прилуцком и Спасо-Каменном монастырях, а у ее длинной стороны. Этот контраст усилен и двускатной крышей палаты, идущей в направлении север—юг, параллельно западному фасаду самого храма.
Благовещенская трапезная церковь принадлежит к редкой разновидности зданий этого типа, одновременно являясь и звонницей. Постройки такого характера несколько более позднего времени известны нам по Спасо-Каменному и Кирилло-Белозерскому монастырям.
Стройный одноглавый храм кубической формы разделен на три этажа-яруса. Отсутствие алтарных апсид еще четче выявляет его кубичность, сближая здание с трапезной церковью Прилук. Высокий нижний ярус — перекрытое крестовым сводом подцерковье — использовался для хозяйственных нужд. Собственно храм занимал второй, основной этаж. Его квадратное в плане, бесстолпное помещение с сомкнутым сводом и распалубками по углам освещается четырьмя окнами, расположенными на восточной и южной стенах. Три дверных проема в западной стене (крайние — поздние) соединяют его с трапезной; внутристенная лестница в северо-западном углу ведет на колокольню.
Наиболее оригинален верхний ярус церкви церковь Благовещения Ферапонтова монастыря, объединяющий колокольню с несколькими помещениями. Это — сложный лабиринт различных камер, ходов и небольших комнат, группирующихся вокруг центра — высокого цилиндрического барабана, увенчанного несколько вычурной главой XVIII века. Два помещения, вытянутые вдоль западной и частично северной сторон, занимали когда-то книгохранилище и тайник; пять камер, соединенных узкими проходами с барабаном, открывались на восточном и южном фасаде арками. В арках висели колокола, а барабан являлся великолепным резонатором.
Принципиально по своему решению необычный ярус звона Благовещенской церкви находит прямые аналогии с верхом Гаврииловского храма. Почти тождественны и другие архитектурные формы этих построек: членение фасадов на прясла, сами пилястры и карнизы, характер завершения в виде трех рядов килевидных кокошников (средний утрачен).
Можно, очевидно, говорить даже об их принадлежности одному зодчему. Правда, ферапонтовский храм отличается исключительной легкостью и изяществом, подчеркнутой вытянутостью вверх всех своих форм, что гораздо слабее выражено у его современника в Кириллове.
Традиционнее и проще выглядит огромный объем трапезной палаты. Фасады ее оформлены лишь простыми лопатками да легкими килевидными обрамлениями вокруг окон. Поставленная на высокий подклет, она кажется еще более значительной и монументальной.
Основное ее помещение — большой квадратный зал с мощным столбом в центре, поддерживающим эффектные своды с распалубками. Зал прекрасно освещен: свет льется из окон, расположенных на западной, южной и частично северной стенах. Аналогичное решение имеет и палата подклетного этажа подсобно-хозяйственного назначения, только она еще более массивна и, кроме того, темная. С севера к зданию прежде примыкала келарская палата (сломана в XIX в.), остатки стен и сводов которой еще хорошо видны снаружи. С южной стороны трапезной находится двухъярусная паперть (перестроена в XVII—XVIII вв.); первоначально она имела открытую вверху арочную галерею и широкую лестницу, через которую был вход в палату.