Архитектура Ферапонтова монастыря, этого интереснейшего, гражданского по своему назначению сооружения проста и монументальна. Массивные стены имеют уступ на две трети своей высоты, соответственно уровню пола верхнего этажа. Небольшие оконные проемы с сильными откосами, расположенные с южной и северной стороны, лишены каких-либо обрамлений. Особенно суров некогда являвшийся наружным западный фасад. Его глухую плоскость прорезает один проем и несколько щелевидных окон-бойниц. Лишь северный фасад, обращенный во двор монастыря, украшен скромным карнизом. Двускатная кровля венчает здание по линии север—юг. Внутри квадратные в плане помещения обоих этажей Казенной палаты перекрыты коробовыми сводами. Вход, расположенный в центре восточной стены, раньше находился внутри примыкавшей с этой стороны одноэтажной палаты.
Ферапонтов монастырь в отличие от соседнего Кирилло-Белозерского не был сколько-нибудь сильно укреплен и не считался крепостью. Вместо мощных каменных стен он имел лишь деревянную ограду с невысокими башнями по углам.
Главным, парадным въездом в монастырь служили каменные ворота в западной стене ограды, как обычно, называвшиеся Святыми, с кельей и сторожкой по сторонам и двумя небольшими храмами — Богоявления и Ферапонта — над ними. Это хорошо сохранившееся сооружение, построенное в 1649 году, составляло прежде основной фасад всего архитектурного комплекса, обращенного к дороге. По своей композиции — ворота внизу и храмы вверху — оно довольно традиционно.
Нижний ярус с двумя различной величины проездами, устои которых снаружи трактованы и виде широких граненых столбов с базами и капителями, типичен для таких построек. Гораздо своеобразнее выглядит верхний этаж, занятый двумя церквами. Это — прямоугольный объем с небольшими оконными проемами, завершенный прямым карнизом и покрытый четырехскатной кровлей. По своим формам он близок скорее к обычным гражданским, нежели к культовым постройкам, что явно свидетельствует о нарастании элементов светскости, так называемом процессе «обмирщения» в церковном зодчестве Руси в середине XVII века. Да и внутри объединенное помещение храмов плохо приспособлено для службы. Узкое, вытянутое, разделенное на две части только аркой, со слегка пониженными прямоугольными алтарями, оно явно не соответствует церковным каноническим архитектурным формам. Подобные храмы для данной эпохи представляли новшество, получив широкое развитие только в конце XVII—начале XVIII века.
Лишь возвышающиеся над кровлей на низких восьмериках два шатра, завершенные главками, указывают, что перед нами — храмы. Шатры, как это свойственно XVII столетию, имеют чисто декоративный характер. Они глухие и никак не связаны с внутренним пространством здания, ибо расположены прямо на сводах, с помощью опорных арок и столбов.
Живописны и нарядны фасады храмов. Пилястры делят их на две части соответственно проездам ворот. Узкие, длинные окна заключены в изящные вытянутые наличники с килевидным острым верхом, а вверху между ними расположены круглые проемы с обрамлением. Под карнизом идет широкая полоса из двух рядов своеобразного кирпичного орнамента с круглыми терракотовыми вставками. Она явно навеяна традиционным убранством более ранних храмов Белозерья, однако талантливый зодчий XVII века создал на этой основе свой собственный декор. С юга к Святым воротам примыкает небольшое двухэтажное здание Казенной палаты, иногда неправильно называемое «сушилом» или «мереженным корпусом». Построено оно в XVI веке и, судя по некоторым изображениям монастыря XVII—XVIII веков, входило в линию прежней деревянной ограды.