В годы советской власти роль гужевого транспорта по-прежнему была высока. Причем не только состоятельные горожане, но и каждая организация пыталась содержать свой конный двор. Наркоматы и им подведомственные организации, расположенные в Якутске, имели свои транспортные обозы. В городском коммунальном тресте, организованном 1 октября 1929 г., создается транспортный обоз в 30 лошадей. Предусматривалось увеличение обоза до 100 лошадей с выделением части из них в ассенизационный обоз, а также получение 2-3 грузовых автомобиля. По дорогам двигались обозы колхозников, доставлявших сельскохозяйственные грузы, в промышленных предприятия, в городах сновали извозчики и водовозы.
Первый в Якутске автомобиль появился в конце 1920-х годов. Точных сведений об этом событии не сохранилось. Известно, что в 1928 г. одна из первых автомашин принадлежала аптекарю Петрову, но в связи со свертыванием политики НЭПа ее отобрали и передали в собственность государства. Автотранспортом в первую очередь обеспечивались партийные и советские органы. Так, появившаяся в городе новая легковая автомашина, принадлежала Якутскому обкому ВКП(б). Легковой автомобиль марки «бьюик» американского автозавода «Форд» был закреплен за водителем П.Н. Машицким, возившим в одно время председателя СНК ЯАССР И.Е. Винокурова. По рассказам, эту машину руководству республики вроде бы подарил президент США Рузвельт. С 1948 г. в город стали поступать новенькие «Победы», «эмки» (ГАЗ-М-1), в 50-е годы — автомобиль представительского класса «ЗИС-110», весивший три тонны. На нем ездила только элита Обкома и Совнаркома. Обычно в машину садились водитель, секретарь обкома и два вооруженных охранника — сотрудники КГБ. С воинских частей, дислоцированных в Ворошилово-Уссурийске, пригнали 5 американских автомобилей «додж-З/4», грузовой «студебеккер» и джип «виллис».
В сентябре 1936 г. через Якутск в Усть-Майский район пароходом были отправлены первые для этого района 12 газогенераторных автомобилей «Зис-5», но по прибытии оказалось, что они все неисправны. Часть автомашин была использована на запчасти, чтобы восстановить остальных.
В 1939 г. старший инспектор ГАИ УРКМ НКВД Якутской АССР сообщал, что в 84 предприятиях Якутска имелось 210 автомашин марки ЗИС и 236 автомашин марки ГАЗ. В одном только предприятии «Якутоловотранс» было зарегистрировано 63 автомашины ЗИС и 26 автомашины марки ГАЗ-АА. Из них на ходу оказалось всего 44 машины. Горисполком на мощение улиц в том году привлек автотехнику 78 предприятий города. Инспектор ГАИ 18 сентября 1939 г. составил список автомашин с людьми, выехавших на охоту и за ягодами. Всего в списке оказались 24 автомашины ГАЗ-АА, ЗИС и М-1. Уже в те годы на партийной конференции делегаты жаловались на руководителей предприятий, что они «свой транспорт отдали на откуп шоферам и завгарам, которые используют автомашины по своему усмотрению». В годы войны автопарк города по известным причинам уменьшился. В январе-феврале 1942 г., в самые жестокие морозы, грузовыми автомашинами треста «Дальстрой» (ГУЛАГ) из Якутска на станцию Невер Транссибирской железной дороги, преодолев 1200 км пути, были доставлены 3 тыс. мобилизованных на фронт призывников. В 1944 г. Совет Министров РСФСР принял постановление, по которому Якутск получал грузовой автотранспорт, в том числе дорожно-строительную технику, привезенную по ленд-лизу из Америки.
В 1920 г. на Лене было учтено 39 самоходных судов общей мощностью 6350 л.с. и 45 барж общей грузоподъемностью 550 тыс. пудов. На этой базе было создано Ленское районное управление водного транспорта с центром в Киренске, которое должно было заниматься перевозками грузов всего Ленского бассейна, в том числе и Якутского края. Обеспечение доставки нарастающих с каждым годом народнохозяйственных грузов в последующие годы в основном выпало на речной транспорт. В середине 1920-х годов на реке Лене работали уже три пароходные организации: пароходство НКПС (Наркомат путей сообщений) под названием «Водпуть», которое осуществляло надзор за судоходством, занималось изучением фарватера рек, перевозило грузы и пассажиров; пароходство «Лена Голдфильс Лимитед», сокращенно «Парлена». Оно занималось транспортировкой почтовых грузов и пассажиров; Якутское государственное пароходство, сокращенно «Якпар», созданное правительством в 1923 г. Основные суда этого пароходства в то время арендовались у НКПС. Всего в его распоряжении было 11 паровых судов и 22 непаровых с общей грузоподъемностью 4270 тонн. По другим данным, Якутскому пароходству (Якпар), подчиненному Наркомторгпрому ЯАССР, переданы 10 пароходов и 18 барж.
Грузооборот пароходства составил в 1926 г. 1300 тыс. пудов, в 1927 г. — 1347 тыс. пудов, в 1928 г. свыше 2 млн. пудов. Однако, как отмечалось в решениях Всеякутских съездов, были и недостатки в работе пароходства. Медленно обновлялись суда. Пароходство «Якпар» не имело оборотных средств и существовало, главным образом, за счет получаемых прибылей. В силу этого оно испытывало серьезные финансовые затруднения. VII Всеякутский съезд Советов, состоявшийся в Якутске с 17 января по 1 февраля 1931 г., по докладу председателя СНК о путях развития транспорта постановил приступить к постройке затона в Якутске для обслуживания судов, плавающих в низовьях Лены, а также по рекам Вилюй и Алдан; объединить все пароходы в Ленском бассейне в руках Госречфлота и сосредоточить наличный состав пароходства в г.Якутске.
1932 г. пароходные организации были объединены в одно пароходство под названием Ленское государственное пароходство, что не помешало созданию других флотов, организовавших свою навигацию в Ленском бассейне: Лензолотофлот, обслуживающий золотую промышленность, Северо-Якутское речное пароходство ГУСМП. Пополнение Ленского флота шло главным образом за счет сборки новых пароходов на верфях в Качуге, Жигалово, Осетрово и Киренске. В годы пятилетки и особенно в годы войны в районе Якутска с непродолжительными перерывами шло строительство Жатайского затона и судоремонтного завода. К началу Великой Отечественной войны речной флот республики, сконцентрированный в основном в г. Якутске, имел 127 пароходов и более 500 барж, поднимавших единовременно свыше 100 тыс. тонн. Рост тоннажа позволил почти полностью отказаться от самосплава и передать на тягу буксировку плотов флоту. В 1945 г. в перевозках Ленского пароходства местные грузы заняли не менее 80% тогда как в 1932 году удельный вес таких грузов, как уголь и лес, во всем бассейне Лены составлял лишь 17%, в 1936 г. – 36%. В 1932 г. в городе открыто речное училище, готовящее кадры водников из числа местного населения.
Большой вклад в развитие водного транспорта на Лене внес А.Д. Богатырев – первый из якутов капитан парохода, активный участник освоения Арктики, отдавший более полувека своей жизни великой реке (рис.4).
Как известно, первый самолет совершил полет над Якутском в октябре 1925 г. Первый пассажир этого самолета герой Гражданской войны Г.В. Егоров после посадки самолета на Зеленом лугу сказал: «Товарищи! Вот эта железная птица штука очень полезная. Якутский народ если бы имел такой вид упряжи, мог бы быстрее ездить. Воздушная дорога – эта хорошая вещь!».
Вопрос об установлении первой авиалинии был поставлен правительством ЯАССР возглавляемой М.К. Аммосовым. 27 августа 1928 г. из Иркутска в Якутск прибыл первый почтово-пассажирский самолет и с тех пор на этой линии начались регулярные рейсы (Рис.4). Строительство аэродрома в городе начато в 1931 г. организацией «Якутстрой». Значение воздушного транспорта при полном бездорожье в условиях Якутии огромно. Из 38 районов ЯАССР семь удалены от Якутска на расстоянии от 1500 до 2800 км, восемь районов — на 1000-1500 км и лишь центры 21 районов, которые назывались «ближними», отстояли от столицы не далее, чем на 1000 км. В условиях такой разбросанности быструю и надежную связь между отдельными районами могла обеспечить только авиация.
На этом основании правительство ЯАССР приняло пятилетний план развития воздушного транспорта. В 1929–1930 гг. предполагалось организовать линию Якутск-Булун, на следующий год Якутск–Незаметный–Рухлово, Якутск–Вилюйск–Сунтар, в 1931–1932 гг. Якутск–Верхоянск, Якутск–Сеймчан, на последний год пятилетки Якутск–Устье Алдана–Усть-Майск–Нелькан–Эйкон и др. СНК ЯАССР обратилось с просьбой обществу «Добролет» с тем, чтобы предусмотреть в пятилетнем плане организацию мастерских по обслуживанию и ремонту самолетов в Якутске. Совет народных комиссаров (СНК) республики счел необходимым поставить вопрос о подготовке соответствующих кадров авиаторов из числа «туземцев ЯАССР», поручил Якутпредству в Москве оказать всемерное содействие Обществу «Добролет» в получении необходимой лицензии на приобретение заграницей самолетов, запасных частей и т.д., организовать в Якутске Управление воздушными сообщениями ЯАССР. С годами рос объем перевозок (Рис.5). В 1941 г. гражданской авиацией было перевезено значительное количество грузов, в основном ценная пушнина, драгоценные и цветные металлы, срочные грузы, газеты, почта, а также более 7 тыс. пассажиров.
Якутск становится также местом базирования авиации специального назначения. Немало самолетов имели ГУСМП, Якутский госрыбтрест, санитарная авиация, Аэрогеодезия для аэрофотосъемки, Якутлес для воздушного патрулирования и аэровизуальной съемки лесов, Гидрометслужба и др.
В годы Великой Отечественной войны (1941-1945 гг.) по трассе Аляска – Сибирь через Якутск, где находился штаб авиаперегоночной дивизии, на фронт из США было доставлено более 8000 самолетов, поставленных по ленд-лизу: истребители, бомбардировщики, транспортные самолеты.
К концу войны большинство районов республики имели воздушную связь с Якутском, где за эти годы был создан крупный аэропорт, который мог принимать самолеты большой грузоподъемностью.