Наиболее интересны в художественном отношении рельефы второй группы: «Распятие», «Спас Нерукотворный» (лицевая сторона), «Константин и Елена», «Борис и Глеб», «Ефрем и Савва» и святители (оборотная сторона). Изображение Ефрема Новгородского (ученика Саввы Вишерского, с которым он обычно изображался) подтверждает датировку этой группы рельефов, ибо Ефрем был канонизирован в первой половине XVI века. Иконка Киликиевского креста — одно из первых изображений святого.
Перечисленные композиции принадлежат руке незаурядного мастера, воспитанного на традициях деревянной северной плоскостной резьбы и хорошо знакомого уже с творчеством Дионисия. Об этом говорят его изящно удлиненные, чуть суховатые, но изысканные фигуры. Он виртуозно владеет линией, уверенно врезая ее в поверхность кости, ювелирно отделывает детали. Он умеет создать иллюзию пространства и высоты рельефа, лишь слегка углубляя фон или проводя две-три дополнительные линии. Такой низкий и плоский рельеф с крупными собранными массами, очевидно, был вообще характерен для резных изображений вологодско-кирилловского круга, особенно для произведений мелкой пластики XVI века, выполняемых в дереве и кости.
Именно в такой манере исполнена «Троица» на костяной панагии Духова монастыря в Вологде (конец XV-начало XVI в., Вологодский музей). Правда, мастер, создавший ее, не испытал воздействия Дионисия. В его произведении ясно проступает народное начало, благодаря чему вся панагия с изображением коренастых, большеруких фигур поражает удивительным сочетанием наивности и тонкости пластического чувства.
Однако, большинство северных резчиков, в отличие от мастеров центральных областей, находившихся под воздействием творчества Андрея Рублева, пошло за школой живописи Дионисия. Развивая ее творческие достижения и привнося в нее местные, самобытно-народные черты, они сумели создать свою манеру резьбы, отличительной особенностью которой является линейно-плоскостной характер.
К тому же кругу памятников северной плоскостной резьбы относятся и царские врата XVI века из Спасского собора (Вологодский музей), украшенные стилизованным растительно-геометрическим орнаментом.
В северо-западном углу паперти Спасского собора сохранилась нижняя часть древнейшей колокольни монастыря, возведенной одновременно с храмом. Она состоит из подклета и восьмигранного первого яруса столпа, перекрытого внутри сводом.
Опись 1623 года так характеризует эту постройку: «. .. да колокольница при соборнной церкви каменная, о одном верхе, а под колоколы церковь — Три Святителя». Очевидно, в первом ярусе колокольни был храм, а над ним открытый звон с главкой, куда вела узкая лестница в толще стены, частично сохранившаяся и сейчас. Подобные столпообразные церкви-колокольни были широко распространены на Руси в XVI веке, представляя своеобразный тип культового здания.
Стоящая рядом новая колокольня сооружена около 1644 года. Более значительного размера, она гораздо лучше соответствовала масштабам архитектурного ансамбля монастыря. Широкий нижний ярус ее составляет подклет с двумя кельями; выше, в двух следующих этажах, помещалась церковь Алексия; высокий восьмерик с открытыми арками являлся собственно колокольней.
Таким образом, это здание также было столпообразным и включало в себя храм, что для XVII века не совсем обычно и говорит о следовании «прежним образцам». Декор колокольни не богат, но выразителен. Он подчеркивает особый характер каждого яруса. Простые наличники — у окон келий, плоские пилястры и полуциркульные ниши — на стенах храма и килевидные изящные архивольты — у арок звона. В начале 1720-х годов старая колокольня была частично разобрана, а ее колокола перенесены в новое здание, верхняя часть которого над арками была надложена и сооружен небольшой завершающий восьмерик. Фигурный купол со шпилем принадлежит концу XVIII века.