В архитектурном ансамбле Лавры надвратный храм в честь Рождества святого Иоанна Предтечи над главным входом в Троице-Сергиеву Лавру играет особую роль: первым встречает и последним провожает всех посетителей Лавры. Храм был заложен на месте обветшавшей надвратной Сергиевской церкви начала XVI в. в 1693 г. по благословению Патриарха Андриана. Патриаршая благословенная грамота повелевала на новой церкви верх строить «против прочих церквей, а не шатровый, и алтарь круглый тройной». Освящение храма во имя святого Иоанна Предтечи, небесного покровителя царя Иоанна Алексеевича, совершилось в 1699 г.
Надвратная церковь Лавры – двухъярусное сооружение высотой до верхней части свода более 22 метров. Нижний ярус прорезан воротной аркой; лестница в толще северного пилона выводит на верхнюю площадку-гульбище, первоначально открытую, служащую основанием стройного двусветного трехапсидного пятиглавого храма. В северо-восточном углу площадки сохранилась древнейшая в Лавре изразцовая печь XVII в.
Фасады надвратной церкви по образцу с расположенной неподалеку трапезной (1692) украшены декоративным белокаменным ордером и росписью стен «в шахмат». В интерьере церковь первоначально не имела настенных росписей; украшением служил пятиярусный золоченый иконостас с писанными «на красках» и «на золоте» иконами.
В мае 1746 г. надвратная церковь более других лаврских храмов пострадала от «великого пожара»: сгорели кровля и купола, иконостас и вся церковная утварь, пострадала роспись фасадов. В 1753 – 1760 гг. церковь была возобновлена: украшена внутри и снаружи живописным писанием с позолотой, получила новый золоченый иконостас с живописными иконами работы лаврских мастеров, луковичные купола заменили новыми с гранеными очертаниями. В 1763 г. обновленная надвратная церковь была освящена.
В XIX в. клеевую настенную живопись в интерьере храма заменили масляной с преобладанием сюжетов из жития св. Иоанна Предтечи, фасады окрасили в красно-кирпичный цвет с дополнительным выделением белокаменного декора побелкой. В 1872 г. в церкви был установлен новый иконостас, утраченный после закрытия Лавры в 1919 г. После возобновления монашеского общежития в 1946 г. в церкви был установлен новый золоченый резной иконостас первой трети XIX в. в стиле ампир.
Пятиглавие было восстановлено в 1974 г. во время реставрационных работ под руководством В.И. Балдина. Пять куполов, вырастающие из основного объема и составляющие компактную группу, вернули храму торжественность, соответствующую главному входу, вновь связали его композиционно с пятью главами соседнего Успенского собора.
В 2006 – 2010 гг. надвратная церковь вновь стала объектом усилий реставраторов. Работы начались с историко-архивных и натурных изысканий, с расчистки фасадов храма от более поздних покрасок и с исследования системы раскраски по типу бриллиантового руста стен и растительного орнамента белокаменных элементов колонн и пилястр. Полученные результаты позволили провести предварительные работы по восстановлению первоначальной системы покраски фасадов и приступить к восстановлению повреждений белокаменного декора.
В 2008 г. были отремонтированы каркасы и покрытия глав церкви, возобновлена позолота глав и крестов. В 2009 – 2010 гг. продолжились ремонтно-реставрационные работы по фасадам церкви, восстановлена их первоначальная полихромная раскраска в бриллиантовый руст (“шахмат”), возобновлена роспись колонн в виде виноградной лозы и полихромная раскраска профилированных карнизов и других деталей церкви.