Крытые переходы с проездными арками внизу соединяют Спасский собор с поставленным на общий подклет зданием, включающим трапезную палату, небольшую Введенскую церковь и древние настоятельские покои. Время сооружения его — 1540-е годы. XVI столетием датируются и переходы, первоначально открытые и лишь позднее получившие кровлю.
Трапезная палата составляет центральную часть этого довольно значительного здания. Ее подклетный этаж, как обычно, был занят погребами, хлебопекарней и прочими хозяйственными помещениями. В верхнем расположена обширная сводчатая палата для общих монастырских трапез и собраний. Фасады трапезной лаконичны, строги и величавы. Все построено на четком ритме полуциркульных проемов окон и простых лопаток между ними во втором ярусе, завершенном зубчатым карнизом.
Внушительное впечатление производит квадратный в плане огромный зал (приблизительно 15×15 кв. м) с мощным столбом в центре, поддерживающим массивные своды. Освещенный неярким дневным светом, проникающим через окна в южной и западной стенах, он поражает пространственной выразительностью и простотой форм. Такие трапезные палаты необычайно характерны для монастырского строительства XVI века и встречаются в Андроникове, Пафнутьево-Боровском, Соловецком и других крупных монастырях.
Более нарядно выглядит примыкающая с востока к трапезной небольшая церковь Введения. Она возвышается над зданием эффектной пирамидой из трех ярусов стрельчатых кокошников, увенчанной барабаном с луковичной главой. Своеобразна форма стройного кубического объема церкви, лишенного алтарных апсид. Подобный тип безапсидного трапезного храма характерен для XVI столетия. Еосточная стена ее прямая, без каких-либо пристроек, оформлена, так же как остальные фасады, пилястрами и завершена кокошниками. Под кокошниками — широкий узорчатый пояс из кирпичных балясин, поребрика и прямоугольных впадин. Этому орнаментальному фризу словно вторит аналогичный декор, расположенный над аркатурой на барабане храма. Все эти декоративные мотивы тождественны убранству глав Спасского собора и надвратного храма Вознесения.
К XVII веку относятся и древние настоятельские кельи, занимающие западную часть здания. В подклетном этаже келий находились подвалы и погреба с кухней; верхний занимали покои архимандрита. Позднее, в XVII веке, кельи были значительно перестроены и расширены. Только ряд сводчатых помещений с мощными стенами напоминает о прежней архитектуре этой интересной части постройки. Оконные проемы с фигурными наличниками, ниши-ширинки в пилястрах и оригинальное крыльцо с западной стороны появились в XVII веке.
У западной стены, возле Святых ворот сохранилась группа построек, относящихся к XVII веку. Левее ворот расположено каменное здание бывших братских погребов с сушилом в верхнем этаже, известное уже с 1675 года. В 1718 году оно было перестроено под зимние настоятельские кельи, а в 1893 году превращено в монастырскую гостиницу. Отреставрированные отдельные детали фасада — три больших эффектных портала и наличники окон — восходят ко времени его сооружения.
Наиболее интересен келарский корпус, иначе называемый монастырскими кладовыми, примыкающий к ограде справа от ворот. Его фасад, выходящий на Казенный двор — узкий внутренний дворик между стеной и длинным зданием летних настоятельских келий, представляет собой оригинальную двухъярусную галерею. Внизу — две пологие арки, первоначально открытые также и с наружной стороны, вверху — стена, расчлененная пилястрами, с небольшими арочными окнами между ними. Между арками расположен входной проем с лестницей наверх, обрамленный нарядным килевидным наличником. Это здание, очевидно, и являлось той «долгой палатой» над большими воротами на Казенный двор, которую упоминает опись 1675 года.