Современная территория Нунавута была населена представителями палеоэскимосской культуры и эскимосами около четырёх тысяч лет. Некоторые историки идентифицируют побережье Баффиновой Земли с легендарной страной Хеллуланд, описанной в норвежских сагах как одна из трёх земель, открытых Лейфом Эрикссоном в Северной Америке. Однако документированное проникновение европейцев на территорию современного Нунавута началось в XVI веке, когда Компания Гудзонова залива начала устанавливать тут сеть торговых факторий. С одной стороны, это проникновение привело к росту благосостояния эскимосов, с другой — к разрушению традиционной культуры.
Первыми обитателями северо-восточной арктической Америки были тунииты, предположительно пришедшие из Сибири в начале I тысячелетия н.э. В X веке на территории современного нунавута появился народ, известный как туле, предки современных эскимосов. Их появление было последним эпизодом в миграции народов из Азии в Америку. Туле занимались китобойным промыслом, но в конце XIV века по неизвестным причинам изменили свой образ жизни и начали расселяться вокруг Гудзонова залива. После этого китобойный промысел отошёл на второй план, а главным средством пропитания эскимосов стала охота на карибу и тюленей.