История Ледникового периода Юкона уникальна. Массивный ледяной пласт с Кордильер надвигался на южный Юкон по крайней мере шесть раз в течение последних 2,5 миллионов лет. Этот континентальный ледник разрушал скалы, оставляя после себя развалины и обнажая уникальные месторождения. Ледники изменили русло реки Юкон, местами перегораживая ее, изменяя направление и создавая огромные озера.
Уровень морей понизился на 125 метров, сформировав перешеек Bering, соединивший Евразию с Северной Америкой. Высокие горы St. Elias Mountains сдерживали ледяную осаду, преграждая путь ледникам на внутреннние территории и препятствуя образованию ледяного пласта в Берингии. ( Берингия — это большая область Арктики, состоящая из северной части современной Сибири, Аляски, Юкона и несущствующего уже перешейка Bering ). Таким образом, западно-центральный и северный Юкон, являясь восточной частью Берингии, оставался свободным ото льда.
Второй причиной, по которой Берингия не покрылась льдами был очень сухой климат. Территория представляла собой тундровое редколесье, заселённое лошадьми, мамонтами, карибу, овцебыками, бизонами, горными овцами, лосями, волками и медведями. Около шестнадцати тысяч лет назад климат немного потеплел и сюда поднялась северная граница таёжной ландшафтно-климатической зоны.
В период 10 — 25 тысяч лет назад Юкон являлся родиной момантов, бизонов, юконской лошади, антилопы сайга.
Ледниковый период закончился приблизительно 10 000 лет назад. И вместе с ним перестала существовать Берингия: глобальное потепление расплавило ледники, вода стекала в океаны, повышая их уровень и полностью затапливая существовавщий тогда перешеек Bering. Исчезновение многих млекопитающих ледникового периода изменило облик Юкона навсегда.
Есть мнение, что первые люди повились на Юконе из Сибири около 24 тысяч лет назад. Хотя в настоящее время самыми древними следами пребывания человека в южной части Юкона признаны артефакты, найденные при раскопках на реке Эйшихик около Аляскинской трассы, которые датируются всего лишь 5200 годом до н. э. и относятся к северной палеоиндейской культуре. Эти жители, главным образом, охотились на карибу (северных оленей) при помощи копий с каменными наконечниками.
Вполне возможен вариант при котором было две миграции населения из Сибири на территорию Юкона. Первая — 25 или более тысяч лет назад. Вторая — после окончания ледникового периода, но до момента затопления Берингова перешейка. Однако, археологи пока что не нашли столь древних следов пребывания человека.