В 12-начале 13 веков бурный расцвет Смоленска ознаменовался также и ростом каменного строительства. Вместо деревянных возводились новые каменные храмы, росло и гражданское строительство. Однако превратности истории и пожары разрушили большинство из древних строений и об их красоте и величии говорят лишь результаты раскопок. Так, экспедицией Воронина на берегу Днепра были обнаружены остатки великолепных храмов, украшенных богатейшей росписью. 40 кв. м. живописи, уцелевшей в раскопанном на восточной окраине Смоленска храме на протоке, были отправлены в Эрмитаж и смоленский музей. Находки археологов дали возможность оценить архитектурные особенности и оригинальную школу монументальной живописи 12-13 веков.
В настоящее время сохранились лишь три церковные постройки 12 века: это церковь Петра и Павла (1146 г), церковь Иоанна Богослова (1173 г) и храм Архангела Михаила (1194-1197). Уникальность этих строений состоит не только в их возрасте, но и в том, что они дают четкое представление о стиле храмов того периода, строившихся как в традиционных византийских традициях, так и смоленском архитектурном стиле.
Церковь Петра и Павла.
На правом берегу Днепра, неподалеку от железнодорожного вокзала, можно, например, увидеть самый древний памятник каменного зодчества в Смоленске. Эту строгую, увенчанную 12-гранным барабаном, крестово-купольную церковь Петра и Павла сложили в XII веке в княжение Ростислава Мстиславича — внука Владимира Мономаха. За время своего существования церковь испытала и перестройки, и закрытие. К 1100-летию основания Смоленска в 1962-1963 годах церковь была отреставрирована и ей вернули ее первоначальный облик. Реставрационные работы выполнялись смоленской рестариционной мастерской под руководством П. Д. Барановского. Еще в начале XX века капелла на хорах частично сохраняла свою древнюю фресковую роспись, однако в дальнейшем эта роспись была безвозвратно утрачена. В настоящее время Церковь Петра и Павла действующая — богослужения в храме идут с 1991 года. В семидесятых годах 20-го века рядом с церковью Петра и Павла археологи раскопали своеобразную романскую божницу — церковь иноземных купцов XII века, свидетельствующую о широких экономических связях города, стоявшего между Киевом и Новгородом на торговом пути «из варяг в греки».
Свирская церковь (Михаила Архангела)
Издалека видна возвышающаяся над Днепром величавая Свирская церковь (Михаила Архангела), построенная в конце XII века в честь победы над половцами замечательным зодчим Петром Милонегом. О великолепии этого храма упоминается в Ипатьевской летописи. Строилась Свирская церковь по указу смоленского князя Давыда Ростиславича (годы правления 1180-1197) и являлась частью архитектурного комплекса загородного княжеского двора.
До закрытия в первой половине XX века в церкви находилась белокаменная гробница князя Давыда. Окруженная некогда оборонительной оградой, а также несколькими монастырскими усадьбами-крепостями Свирская церковь не раз выполняла роль сильного военного укрепления. Во времена осады 1609–1611 годов она использовалась поляками как крепость. После взятия Смоленска православный приход был обращён в католический. Вновь для православного богослужения храм был восстановлен в первом десятилетии XVIII века. Стоит церковь на Малой Краснофлотской улице и с 1991 года является действующей. Последняя реставрация проводилась в 1978-1989 годах.
Церковь Иоанна Богослова.
Церковь Иоанна Богослова строилась в 1173–1176 годах по велению смоленского князя Романа Ростиславича при его дворе и являлась своего рода крупным просветительным центром. При церкви было основано училище, из стен которго распространялась русская письменность. Здесь же монахи-летописцы составляли летописи Смоленской земли. Церковь являет собой крестовокупольный одноглавый четырёх-столпный храм с тремя полукруглыми апсидами. В своем первоначальном виде она была очень близка к облику церкви Петра и Павла. Согласно сохранившимся летописям, церковь была богато украшена золотом и финифтью. До нашего времени сохранились отдельные фрагменты древних фресок. Последняя реставрация проводилась в семидесятых годах 20-го века. В настоящее время храм принадлежит Смоленской епархии и в нем проводятся службы.